早期的基督教文物现主要存于派奥基督教(Pio Christian Museum)博物馆，馆内收藏了早期基督教长方形教堂与地下陵墓里的碑铭和雕塑。这些主要是刻在石馆上的，其中最令人惊奇的是四世纪刻的一个独立的上帝牧羊人像。雕像的惊人之处在于其混和了圣经的传说与异教徒的神话：理想的牧羊人形象其实是耶稣基督他自己，长着胡须的哲人后来成为了虔诚的使徒。前方的头两个房间是具有中世纪艺术的：木制的祭坛装饰的是蛋彩画。其中最优秀作品的是《史特芳尼斯基祭坛画》，这件纪念碑式的三连式祭坛画由乔托制作于1298年，系史特芳尼斯基为圣彼大教堂订制的作品，表里两面都有画像。梵蒂冈图书馆内现还保存有大量中世纪时的财富，如圣骨匣，圣箱，纺织品，珐琅器以及铁器等。