圣马可大教堂庄严肃穆的内部镶嵌了无数令人眼花缭乱的宝物，从大教堂中庭开始，沿着金碧辉煌的教堂墙壁和穹顶延伸，在圣灵降临圆顶和耶稣升天圆顶达到极致。中庭内的起源之塔以其同心多层的设计震惊了世界。教堂的地板上同样镶嵌着大理石和玻璃。沿着中庭的台阶可以到达玛西亚诺博物馆，这里展出着大教堂最著名的马匹。除此之外，位于中央祭坛的后面的黄金祭坛算得上是教堂最为珍贵的珍宝之一，教堂的珍宝馆中还有尼科皮亚雕像和各种珍贵的金银和玻璃制成的宝物。