拼花镶嵌工艺运用在大圆顶，和教堂的墙面和地面等处，金光闪闪的黄金拼花镶嵌总面积超过4000平方米。其中最早的可以追溯到公元12世纪来自东方的拼花镶嵌艺术品。随后这种装饰技术很快被威尼斯的工匠们吸收，并逐渐运用在圣马可大教堂的装饰中。而且工匠们在拼花镶嵌中还结合了拜占庭和西方的艺术风格。在公元16世纪，许多丁托列托，提香，威罗尼和其他威尼斯的顶尖艺术家将这种技术改良后才形成了威尼斯自己的拼花镶嵌技术。在众多令人眼花缭乱的拼花镶嵌艺术品中犹以正殿上方的13世纪修建的圣灵降临大圆顶和12世纪修建的耶稣升天大圆顶最为壮观，其中很多虽经大修，至今仍能看出昔日的风采。